Hugues Daussy a choisi de faire ses études d'histoire non loin du pays des camisards, à Montpellier, siège d'une des deux grandes facultés de théologie protestante française. Il a très vite franchi les étapes du parcours universitaire. Maitre de conférence en histoire moderne à l'université d'Angers dès sa réussite à l'agrégation en 2001, membre junior de l'Institut universitaire de France, l'achèvement de sa thèse, consacrée à la pensée et l'action politiques de Philippe Duplessis-Mornay, ami du roi Henri IV et esprit éminent du protestantisme, auteur de nombreux écrits, lui permet d'accéder au rang de professeur à l'université de Clermont-Ferrand. Il assure parallèlement la codirection du Groupe de recherche en histoire des protestantismes. Le livre extrait de sa thèse, Les huguenots et le roi. Le combat politique de Philippe Duplessis-Mornay lui a valu le prix Gobert de l'Académie des inscriptions et belles lettres, Le parti huguenot. Chronique d'une désillusion le prix Chateaubriand. S'ajoutent à sa bibliographie La Renaissance, Les protestants dans la France moderne et la direction d'ouvrages collectifs, Servir Dieu, le roi et l'Etat, Les hommes de loi et la politique, XVe-XVIIIe siècles et L'identité huguenote : faire mémoire et écrire l'histoire.