Loin d'être un frein à l'alternance, le Conseil constitutionnel en protège le principe en régulant ses effets juridiques. Il existe même une dialectique de légitimation réciproque : le Conseil constitutionnel légitime l'alternance et l'alternance légitime à son tour le Conseil constitutionnel.

Protecteur du principe d'alternance, le Conseil constitutionnel joue le rôle d'aiguilleur des pouvoirs publics nationaux. Par ailleurs, les décisions de conformité sous réserve lui permettent de concilier les intérêts de l'opposition avec ceux de la majorité au pouvoir. Conférant aux réformes politiques un "certificat de constitutionnalité", le Conseil constitutionnel rend possible le fonctionnement régulier de l'alternance et intègre les réformes politiques dans "l'ordre constitutionnel". Le Conseil constitutionnel légitime, ainsi, le principe d'alternance. En excluant tout monopole du pouvoir par la majorité, la jurisprudence constitutionnelle garantit le principe d'alternance qui, réciproquement, légitime le rôle du Conseil constitutionnel.

La multiplication des saisines du Conseil constitutionnel après chaque alternance confère un rôle crucial aux neuf sages. En se prononçant sur les réformes politiques consécutives à l'arrivée au pouvoir d'une nouvelle majorité, la haute instance est conduite, en tant que gardienne de la primauté de la "volonté nationale" sur la "volonté générale", à arbitrer les différends entre majorité et opposition. Les censures du juge constitutionnel sont critiquées par la majorité au pouvoir, certains allant jusqu'à préconiser de supprimer l'institution à la suite des décisions relatives à la modernisation sociale et à la Corse. Pourtant, la continuité de la jurisprudence constitutionnelle au-delà des alternances révèle la neutralité du juge constitutionnel. L'alternance légitime donc, en réalité, le Conseil constitutionnel.