Patrice Gueniffey a fait son DEA puis sa thèse de doctorat dans le cadre de l'EHESS dont il est devenu maitre de conférence en 1990, dès sa soutenance, puis directeur d'études en 2001. Il est membre de l'Institut Raymond Aron fondé par François Furet et l'a dirigé de 2006 à 2008. Le sujet de sa thèse, La Révolution française et les élections. Suffrages, participation et élections pendant la période constitutionnelle 1789-1792, indique la spécialité qu'il a choisie. Il a participé au Dictionnaire de la Révolution française dirigé par Mona Ozouf. On lui doit également une analyse de la page la plus sombre de la période, La politique de la Terreur. Essai sur la violence révolutionnaire 1789-1794. Il travaille actuellement sur la période napoléonienne. Il a réédité plusieurs ouvrages de référence, ceux de Jacques Bainville et José Cabanis ainsi que les souvenirs de Chaptal. Il a écrit pour la collection Les journées qui ont fait la France Le 18 Brumaire. L'épilogue de la Révolution française. Il a réalisé une monumentale biographie de l'Empereur. Il 'a pas fallu moins de 900 pages pour couvrir la période qui va non comme il est fréquent jusqu'au 18 Brumaire mais jusqu'en 1802. Un second tome, Napoléon, suivra ce Bonaparte.