Marie Anne Vannier a effectué un triple parcours universitaire : anglais, théologie, philosophie. C'est dans cette dernière matière qu'elle a passé son capes en 1980. Elle enseigne dix ans en classe terminale de lycée puis en école normale d'instituteurs et en IUFM, tout en préparant une thèse qui lui permet de devenir maitre de conférence à la faculté de théologie catholique de l'université Marc Bloch de Strasbourg. Elle est désormais professeur, dans le cadre de la faculté de théologie catholique de l'autre université concordataire restant en France, celle de Metz. Elle a deux spécialités, sur lesquelles elle travaille et écrit : d'une part les Pères de l(Eglise dont deux en particulier la passionnent, Saint Augustin, Augustin et le mystère trinitaire, Augustin et la Bible et Jean Cassien, qui a réalisé le pont entre l'orient et l'occident, et dont elle a présenté les écrits, son Traité de l'Incarnation par exemple. Elle dirige la publication d'un ouvrage collectif sur Les Pères et la théologie. Son autre centre d'intérêt est Maitre Eckhart, chef de file des mystiques rhénans : Noël chez Eckhart, La naissance de Dieu dans l'âme chez Eckhart, La prédication et l'Eglise chez Eckhart et Nicolas de Cuse.